DELTA 418767 473 22 SVNŽ7ŽN j ‚ €i‹Z‚]iports@FreeBSD.org COMMENT= Open-source Java tools for processing biological data BROKEN= Does not buildENDREP id: 5-33667.0.r424800/156 type: file pred: 5-33667.0.r418767/74791 count: 31 text: 424800 0 129 1870 2c541d69c60de0f7ea4e190a02593022 4de9ac48fe6529d1d18d4264da4cb29207de7c59 424799-93s0/_4 props: 300914 71 103 0 bb58aa814bbdf5f7c1ab04a05656f5a5 cpath: /head/biology/biojava/Makefile copyroot: 0 / PLAIN K 8 Makefile V 26 file 5-33667.0.r424800/156 K 8 distinfo V 29 file 8-33667.0.r340717/793082 K 9 pkg-descr V 29 file c-33667.0.r415498/233225 K 9 pkg-plist V 29 file e-33667.0.r340714/479954 END ENDREP id: 4-33667.0.r424800/663 type: dir pred: 4-33667.0.r418767/75301 count: 41 text: 424800 455 195 0 3b5f9d35f51002a0f749d9689b1d34e2 cpath: /head/biology/biojava copyroot: 0 / PLAIN K 8 Makefile V 27 file 3-9066.0.r418057/61320 K 7 ariadne V 28 dir 4-111985.0.r418840/51789 K 7 artemis V 28 dir 4-51988.0.r424411/181671 K 5 avida V 27 dir 4-57919.0.r403676/68546 K 5 babel V 25 dir 2-9147.0.r395828/1878 K 8 bcftools V 27 dir 4-388638.0.r415914/2371 K 8 bedtools V 26 dir 4-406676.0.r420587/610 K 8 biococoa V 29 dir 4-181036.0.r397315/116345 K 7 biojava V 25 dir 4-33667.0.r424800/663 K 4 blat V 26 dir 4-157190.0.r423017/766 K 6 bowtie V 27 dir 4-410180.0.r410180/4862 K 7 bowtie2 V 27 dir 4-411698.0.r415148/1078 K 3 bwa V 28 dir 4-397851.0.r403676/69226 K 6 cd-hit V 28 dir 4-397318.0.r403506/49550 K 8 cdbfasta V 28 dir 4-397850.0.r403506/50233 K 6 chemeq V 26 dir 5-153895.0.r412917/669 K 8 clustalw V 27 dir 2-30406.0.r415839/59059 K 6 consed V 29 dir 4-213590.0.r421387/169413 K 4 crux V 29 dir 4-235460.0.r412344/717987 K 7 diamond V 27 dir 4-414686.0.r424118/1472 K 6 emboss V 27 dir 4-31178.0.r418829/61873 K 5 fasta V 28 dir 4-38205.0.r424411/182405 K 6 fasta3 V 27 dir 4-38207.0.r415503/88636 K 9 fastdnaml V 28 dir 4-33727.0.r405891/192753 K 7 fastool V 28 dir 4-397849.0.r403506/50877 K 8 fasttree V 28 dir 4-397848.0.r403506/51520 K 13 fastx-toolkit V 29 dir 4-397847.0.r412344/719421 K 9 fluctuate V 25 dir 4-45885.0.r401907/565 K 6 garlic V 26 dir 4-85720.0.r371237/6475 K 6 gff2ps V 28 dir 4-51813.0.r412344/720078 K 4 gmap V 28 dir 4-174086.0.r403676/69966 K 9 gperiodic V 26 dir 2-21330.0.r417916/1556 K 6 grappa V 28 dir 4-44738.0.r415498/235859 K 5 hmmer V 27 dir 2-11871.0.r403506/53701 K 6 htslib V 28 dir 4-374729.0.r424427/99747 K 5 iolib V 27 dir 4-240487.0.r414372/1405 K 7 jalview V 29 dir 4-155905.0.r415498/236602 K 9 jellyfish V 29 dir 4-411785.0.r424427/100484 K 5 lagan V 28 dir 4-157464.0.r415503/89858 K 6 lamarc V 26 dir 4-45915.0.r420392/2260 K 13 libgtextutils V 29 dir 4-397846.0.r424427/101190 K 7 libsbml V 27 dir 4-234730.0.r413410/1458 K 19 linux-foldingathome V 29 dir 4-171590.0.r421387/170127 K 5 mafft V 29 dir 4-157209.0.r415498/237345 K 5 mapm3 V 29 dir 4-210625.0.r415498/238094 K 7 migrate V 26 dir 4-45878.0.r413499/2085 K 6 molden V 25 dir 2-18587.0.r423039/577 K 5 mopac V 28 dir 2-18535.0.r405891/194090 K 7 mrbayes V 27 dir 4-203737.0.r364996/1442 K 6 mummer V 27 dir 4-203638.0.r393581/1453 K 6 muscle V 28 dir 4-213031.0.r403676/70653 K 11 ncbi-blast+ V 33 dir 4-370220.0-375848.r421794/670 K 12 ncbi-toolkit V 25 dir 4-34402.0.r417414/686 K 10 p5-AcePerl V 28 dir 4-31083.0.r412344/724597 K 22 p5-Bio-ASN1-EntrezGene V 27 dir 4-145476.0.r421793/1116 K 10 p5-Bio-Das V 29 dir 4-141702.0.r412344/726045 K 15 p5-Bio-Das-Lite V 29 dir 4-250445.0.r412344/726762 K 11 p5-Bio-GFF3 V 29 dir 4-273031.0.r412344/727480 K 12 p5-Bio-Glite V 29 dir 4-231492.0.r412344/728199 K 15 p5-Bio-Graphics V 29 dir 4-229849.0.r412344/728917 K 14 p5-Bio-MAGETAB V 29 dir 4-236853.0.r412344/729641 K 12 p5-Bio-NEXUS V 29 dir 4-240135.0.r415498/240218 K 12 p5-Bio-Phylo V 29 dir 4-162248.0.r415498/240932 K 10 p5-Bio-SCF V 29 dir 4-240489.0.r412344/731789 K 10 p5-bioperl V 28 dir 4-31084.0.r415498/241678 K 14 p5-bioperl-run V 29 dir 4-161213.0.r412344/733286 K 15 p5-transdecoder V 29 dir 4-411246.0.r412344/734001 K 4 paml V 26 dir 2-30407.0.r422950/1911 K 5 phrap V 27 dir 4-213596.0.r370983/3739 K 5 phred V 28 dir g-213596.0.r365765/23553 K 6 phylip V 28 dir 2-30408.0.r412344/734701 K 5 phyml V 29 dir 4-238140.0.r412344/735349 K 5 plink V 29 dir 4-304954.0.r412344/736042 K 8 plinkseq V 29 dir g-304954.0.r413746/110497 K 7 primer3 V 27 dir 4-66513.0.r354670/62518 K 8 protomol V 29 dir 4-161442.0.r412344/736794 K 5 psi88 V 28 dir 2-18534.0.r415498/243057 K 14 py-biom-format V 27 dir 4-414865.0.r422697/2772 K 12 py-biopython V 26 dir 4-31163.0.r422643/1455 K 8 pycogent V 27 dir 4-236469.0.r419818/1200 K 7 pyfasta V 29 dir 4-244412.0.r415498/243704 K 12 python-nexus V 27 dir 4-246859.0.r416534/1021 K 9 recombine V 27 dir 4-45886.0.r418767/75989 K 8 ruby-bio V 28 dir 4-49156.0.r412344/738801 K 8 samtools V 27 dir 4-374767.0.r415914/5415 K 7 seaview V 24 dir 2-9150.0.r416671/997 K 5 seqan V 27 dir 4-298619.0.r422156/2498 K 10 seqan-apps V 27 dir 4-414897.0.r422156/3801 K 6 seqan1 V 35 dir 4-298619.0-414898.r418767/76744 K 5 seqio V 25 dir 4-46640.0.r344538/970 K 8 seqtools V 27 dir 5-333374.0.r419380/2862 K 4 sim4 V 25 dir 4-31064.0.r344539/879 K 7 slclust V 28 dir 4-411697.0.r416469/51601 K 5 ssaha V 29 dir 4-215429.0.r415498/246562 K 11 tRNAscan-SE V 26 dir 4-56741.0.r415128/2758 K 8 t_coffee V 28 dir 4-53719.0.r412344/741570 K 6 tinker V 28 dir 2-14597.0.r424411/183140 K 10 treepuzzle V 28 dir 4-70552.0.r340722/506561 K 9 treeviewx V 28 dir 4-46356.0.r422140/122961 K 11 trimmomatic V 27 dir 4-411261.0.r411261/2756 K 5 ugene V 27 dir 4-312798.0.r414784/3536 K 8 vcftools V 27 dir 4-409624.0.r409624/3011 K 6 velvet V 26 dir 4-243919.0.r377443/787 K 4 wise V 26 dir 4-66053.0.r417195/2150 K 6 xmolwt V 28 dir 2-21329.0.r415498/247210 END ENDREP id: 1-9066.0.r424800/5772 type: dir pred: 1-9066.0.r424427/106314 count: 2029 text: 424800 839 4920 0 d3c1970e8ab8050542b7cf2fa672e3ae cpath: /head/biology copyroot: 0 / PLAIN K 10 .arcconfig V 26 file 1-354154.0.r422906/41 K 14 .gitattributes V 27 file 1-411777.0.r411777/210 K 10 .gitignore V 26 file 1-348322.0.r376072/79 K 7 CHANGES V 27 file 1-99373.0.r421995/2340 K 15 CONTRIBUTING.md V 27 file 1-348323.0.r348323/344 K 9 COPYRIGHT V 26 file 1-146787.0.r404934/49 K 4 GIDs V 29 file 1-168311.0.r424743/11194 K 8 Keywords V 27 dir 1-314142.0.r419368/1305 K 5 LEGAL V 24 file 1-748.0.r420195/336 K 5 MOVED V 27 file 1-69878.0.r424689/1581 K 8 Makefile V 24 file 1-6.0.r424411/75633 K 2 Mk V 23 dir 1-5.0.r424707/16300 K 6 README V 25 file 1-2408.0.r340854/956 K 9 Templates V 24 dir 1-2932.0.r414724/906 K 5 Tools V 26 dir 3-15302.0.r421545/3096 K 4 UIDs V 29 file 4-168311.0.r424743/11477 K 8 UPDATING V 28 file 1-102685.0.r424719/3578 K 13 accessibility V 27 dir 1-42583.0.r424411/90256 K 6 arabic V 27 dir 1-38973.0.r424411/91716 K 9 archivers V 25 dir 1-242.0.r424708/13942 K 5 astro V 25 dir 1-301.0.r424658/22564 K 5 audio V 25 dir 1-148.0.r424762/45587 K 4 base V 29 dir 1-420954.0.r424411/173309 K 10 benchmarks V 23 dir 1-62.0.r424690/5232 K 7 biology V 25 dir 1-9066.0.r424800/5772 K 3 cad V 26 dir 1-276.0.r424411/195426 K 7 chinese V 27 dir 1-3770.0.r424427/114491 K 5 comms V 24 dir 1-76.0.r424787/12218 K 10 converters V 26 dir 1-1561.0.r424732/10989 K 9 databases V 25 dir 1-771.0.r424778/54506 K 9 deskutils V 26 dir 1-2098.0.r424684/15225 K 5 devel V 25 dir 1-73.0.r424793/307234 K 3 dns V 26 dir 1-6145.0.r424779/12117 K 7 editors V 23 dir 4-6.0.r424727/17866 K 9 emulators V 25 dir 1-181.0.r424799/10797 K 7 finance V 26 dir 1-4110.0.r424740/12194 K 6 french V 28 dir 1-25673.0.r424411/753193 K 3 ftp V 24 dir 1-199.0.r424784/5266 K 5 games V 25 dir 1-104.0.r424786/59038 K 6 german V 27 dir 1-7451.0.r424411/857537 K 8 graphics V 25 dir 1-94.0.r424753/119510 K 6 hebrew V 28 dir 3-31142.0.r415873/388972 K 9 hungarian V 29 dir 1p-38973.0.r415873/390529 K 3 irc V 23 dir 1-42.0.r424771/8478 K 8 japanese V 26 dir 1-410.0.r424411/965852 K 4 java V 27 dir 1-2798.0.r424560/120444 K 6 korean V 27 dir 1-5873.0.r424427/748603 K 4 lang V 24 dir 1-15.0.r424790/22728 K 4 mail V 24 dir 1-57.0.r424796/43843 K 4 math V 25 dir 1-162.0.r424661/42172 K 4 misc V 24 dir 7-35.0.r424773/26946 K 10 multimedia V 25 dir d-333.0.r424662/25404 K 3 net V 24 dir 1-22.0.r424797/79295 K 6 net-im V 28 dir 15-11144.0.r424711/12266 K 8 net-mgmt V 26 dir r-1011.0.r424628/20720 K 7 net-p2p V 27 dir g-29106.0.r424719/11458 K 4 news V 27 dir 1-145.0.r424411/1419455 K 4 palm V 27 dir 1-6646.0.r418057/881288 K 6 polish V 30 dir tv-38973.0.r424427/1040088 K 10 ports-mgmt V 25 dir 1-5132.0.r424435/4762 K 10 portuguese V 28 dir 1-17842.0.r423622/320182 K 5 print V 24 dir 1-79.0.r424750/15291 K 7 russian V 28 dir 1-1559.0.r424411/1449707 K 7 science V 26 dir n-5356.0.r424777/10233 K 8 security V 25 dir 1-269.0.r424764/87575 K 6 shells V 25 dir w-6.0.r424427/1138672 K 8 sysutils V 25 dir b-339.0.r424794/67342 K 8 textproc V 25 dir 1-322.0.r424731/96533 K 9 ukrainian V 28 dir g-39704.0.r415873/492962 K 10 vietnamese V 28 dir 1-4812.0.r424411/1724681 K 3 www V 26 dir 1-114.0.r424780/139451 K 3 x11 V 24 dir 1-16.0.r424709/26974 K 10 x11-clocks V 27 dir 1-931.0.r424411/1942872 K 11 x11-drivers V 30 dir 1-157567.0.r424427/1499964 K 6 x11-fm V 27 dir 1-691.0.r424427/1503012 K 9 x11-fonts V 25 dir 1-543.0.r424798/13984 K 11 x11-servers V 25 dir 1n-710.0.r421650/1238 K 10 x11-themes V 27 dir 1-14410.0.r424509/12103 K 12 x11-toolkits V 25 dir 1-120.0.r424638/15534 K 6 x11-wm V 23 dir 1-40.0.r424634/7990 END ENDREP id: 2-1.0.r424800/9491 type: dir pred: 2-1.0.r424799/14518 count: 421159 text: 424800 5943 3535 0 fe877aadafe8d55571a83dae4ee7291f props: 7322 2587 45 0 7a04b33bf8e35fd5c3d111baaf403dc5 cpath: /head copyroot: 0 / PLAIN K 8 branches V 23 dir 0-1.0.r424795/13785 K 4 head V 22 dir 2-1.0.r424800/9491 K 8 projects V 30 dir 0-377393.0.r378744/3577692 K 8 svnadmin V 22 dir 3-1.0.r424362/1241 K 4 tags V 22 dir 8-1.0.r421958/5118 END ENDREP id: 0.0.r424800/9928 type: dir pred: 0.0.r424799/14958 count: 424800 text: 424800 9705 210 0 d19e40b19ba5b5ba7488d12112c65269 props: 341041 7130 346 0 8b695b9f61597e4917effffba3bbfaa3 cpath: / copyroot: 0 / minfo-cnt: 35 5-33667.0.t424799-93s0 modify-file true false /head/biology/biojava/Makefile 9928 10150